Sesuiai dengan Maklumat Gubernur DIY Sri Sultan Hamengkubuwono ke IX No. 05 Tahun 1948, Desa Pondokrejo dulunya terbagi menjadi 2 (dua) Kelurahan yaitu :
- Kelurahan Ngentak lama meliputi dusun :
- Ngentak
- Plotengan
- Badalan
- Jlopo
- Karanglo
- Dukuh
Pusat Pemerintahan Kelurahan Ngentak lama di Plotengan
- Kelurahan Glagahombo lama meliputi dusun :
- Jlapan
- Babadan
- Glagahombo
- Jenengan
- Watupecah
- Mlesen/Balan
Pusat Pemerintahan Kelurahan Glagahombo lama di Babadan